Los estudios de microbioma intestinal a partir de muestras fecales, conllevan una compleja logística de envío y mantenimiento de las muestras que pueden redundar en un al alto coste y una baja calidad de los resultados.
En esta entrada analizamos 7 aspectos críticos en estudios de microbioma en heces a los que conviene prestar atención a la hora de seleccionar el mejor protocolo de recogida de muestras para optimizar así la calidad de los resultados.
7 aspectos críticos en estudios de microbioma en heces
1.- Reclutamiento
La involucración del donante es el primer paso crítico a la hora de seleccionar el mejor protocolo de recogida de muestras para estudios de microbioma en heces.
Es fundamental que este sistema de recogida resulte de fácil manejo y cómodo para la correcta recogida. Además, es fundamental que el sistema de recogida estabilice la muestra en el mismo momento de la recogida para evitar alteraciones y/o degradaciones de la misma introduciendo sesgos a la hora de su análisis.
2.- Estabilidad de la muestra
El segundo aspecto crítico consiste en asegurar la estabilidad de la muestra en ambientes relativamente extremos (temperaturas de entre -20ºC y 50ºC) desde su recogida hasta la llegada al laboratorio.
Pueden pasar días desde que el donante recoge la muestra en su domicilio hasta su llegada al laboratorio de análisis. Además, las condiciones ambientales a las que se vea expuesta la muestra durante ese tiempo pueden contribuir a la degradación de la misma. En caso de recurrir a la congelación para conseguir una mejor estabilidad en el tiempo, es importante evaluar cómo le afectarán los ciclos de congelación-descongelación.
3.- Homogeneidad
El protocolo de recogida debe también garantizar la homogeneidad de la muestra, es decir, la comparabilidad de los resultados al analizar distintas alícuotas de la misma muestra de heces en múltiples ocasiones.
4.- Neutralidad
La composición de la muestra en el momento de ser analizada debe ser lo más exacta posible a la de la muestra fresca recién recogida y procesada (o inmediatamente ultracongelada a -80ºC) para evitar sesgos en los resultados. Esta métrica, conocida como neutralidad, consiste en conocer el grado en el que una muestra proporciona una instantánea del estado in vivo en el momento de recolección.
La neutralidad es crítica en los estudios de microbioma en heces, ya que los sesgos pueden introducirse en un marco temporal mínimo desde la recogida de la muestra, por ejemplo, en el tiempo que tarda en secarse una tarjeta FOBT o FTA o en el que tarda en congelarse la muestra en un congelador convencional.
5.- Experiencia del donante
La experiencia del donante para un determinado protocolo de recolección de muestras tiene un impacto más que significativo en los ratios de cumplimiento y compromiso, especialmente en aquellos estudios que requieren la recogida de muestras de un mismo donante a lo largo del tiempo.
Por lo tanto, el sistema y protocolo de recogida deben ser sencillos, cómodos y fáciles de llevar a cabo.
6.- Escalabilidad y rendimiento
A la hora de seleccionar el protocolo de recogida de muestras, también es importante considerar si éste permite la opción de escalado para un potencial estudio múltiple de mayor envergadura en el futuro.
Por otro lado, el rendimiento es un parámetro crítico en los estudios de microbioma humano, especialmente en aquellos proyectos de secuenciación más profunda. La cantidad de DNA microbiano que se puede obtener a partir de la muestra de heces es también una aspecto relevante a la hora de seleccionar el sistema de recogida.
Otra consideración a la que a veces no se le presta demasiada atención en los estadios iniciales de un estudio, y que tiene sin duda un gran impacto a la hora de analizar el coste-beneficio de los mismos, es la capacidad del protocolo de recogida de muestras para prestarse a una automatización de alto rendimiento en el laboratorio.
7.- Métricas de rendimiento
Por último, no demos olvidarnos de estudiar los kits de recogida de muestras que ofrecen los distintos fabricantes atendiendo a las publicaciones y artículos científicos relevantes en los que se referencian.
En conclusión, para capturar de manera efectiva una instantánea del estado in vivo en el momento de recolección de la muestra, todas las alícuotas obtenidas de la misma muestra de heces deben ser equivalentes a la muestra fresca recién recogida y procesada inmediatamente (o inmediatamente ultracongelada a -80ºC), independientemente de dónde o quién recogió la misma, y del “viaje” de la misma hasta el laboratorio. Todo ello sin olvidarnos del rendimiento y la experiencia de donante generada.
Por lo tanto, al comparar los costes y beneficios de los distintos protocolos de recogida de muestras para estudios de microbioma en heces, deben valorarse todos estos parámetros en su conjunto, evaluando el coste por donante, pero sin perder de vista el valor que supone el análisis del perfil microbiológico in vivo, sin sesgos.
Si quieres más información sobre los kits de recogida de muestras para estudios de microbioma intestinal que cumplan con estos 7 criterios, consúltanos sin compromiso.
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