Para llevar a cabo cualquier análisis o estudio genético, la adecuada recolección de DNA resulta un paso crítico y fundamental. Frente a la sangre como fuente tradicional de DNA genómico, han surgido métodos alternativos que permiten la obtención y extracción de DNA a partir de saliva, con notables ventajas entre las que destacan:

  • Alta cantidad y calidad del DNA obtenido
  • Método no invasivo ni doloroso para el paciente
  • Estabilidad del DNA a temperatura ambiente durante años

En esta entrada os resolvemos algunas de las preguntas que surgen con más frecuencia a la hora de obtener, estabilizar y extraer DNA a partir de saliva con los kits Oragene·DNA.

 

DNA a partir de saliva: Preguntas frecuentes

 

— Recolección de DNA a partir de saliva —

 

  • ¿Qué rendimiento de DNA se puede obtener en muestras de saliva?

El rendimiento de DNA a partir de muestras de saliva varía en función del kit con el que se recolecten, pudiendo alcanzarse hasta 110ug de DNA de rendimiento medio.

Aquí encontrareis más información acerca de las características de los distintos kits de recolección, y el rendimiento que se obtiene con cada uno de ellos.

  • ¿Cuál es el mejor método para cuantificar ese rendimiento de DNA?

Se recomienda la cuantificación con un marcador fluorescente como SYBR Green o PicoGreen, ya que estos marcadores se unen al DNA de doble cadena.

La cuantificación por absorbancia puede sobrestimar la cantidad de DNA debido a la suma de la absorbancia del RNA co-purificado con el DNA de interés.

  • ¿Por qué se puede obtener un rendimiento medio de DNA más bajo?

Esto puede deberse a múltiples factores, entre ellos:

– El DNA presente en la saliva siempre tiene un grado de variabilidad (incluso en el mismo donante, la cantidad de DNA presente en la saliva puede variar de un día a otro).

– El rendimiento de DNA puede variar en función del método de purificación utilizado.

  • ¿Qué se puede hacer para incrementar el rendimiento de DNA?

Para optimizar el rendimiento de DNA es muy importante recolectar el volumen de saliva indicado en cada kit.

  • ¿Cuál es la fuente de DNA en la saliva?

El DNA de la saliva proviene de los glóbulos blancos y las células epiteliales bucales.

  • ¿Cuánto DNA bacteriano contienen las muestras de saliva?

La cantidad de DNA bacteriano depende del método con el que se recolecten las muestras:

– Las muestras recolectadas con los kits Oragene·DNA contienen < 12% de DNA bacteriano.

– Las muestras de enjuagues bucales tienen aproximadamente un 50% de DNA bacteriano.

– Las muestras tomadas mediante hisopos tradicionales contienen casi un 90% de DNA bacteriano.

  • ¿Cómo se pueden recolectar muestras de saliva en niños y/o en pacientes con dificultades para escupir?

Te lo contamos con detalle en esta entrada.

 

— Almacenamiento de muestras —

 

  • ¿A qué temperatura deben almacenarse las muestras de saliva?

Las muestras recolectadas con los kits Oragene·DNA son estables a temperatura ambiente durante años. Para almacenamiento a más largo plazo las muestras pueden también congelarse a -20ºC o -80ºC.

No se recomienda refrigerarlas a 4ºC.

  • ¿Pueden soportar las muestras ciclos de congelación-descongelación?

Sí, las muestras recogidas con Oragene·DNA pueden soportar al menos 5 ciclos de congelación-descongelación sin evidencia de degradación del DNA.

 

— Purificación de DNA a partir de saliva —

 

  • ¿Qué se puede hacer para mejorar el ratio A260/280 del DNA purificado?

Algunos de los consejos incluyen:

– Asegurarse de que las muestras hayan sido incubadas durante al menos una hora a 50ºC antes de la purificación.

– Asegurarse de no alterar el pellet de proteína tras el primer paso de centrifugación.

– Asegurarse de que el espectrofotómetro está sustrayendo los valores de A320 de los de A260 y A280.

– Asegurarse de que los valores de A260 y A280 están en el rango de 0,1 a 1,0.

  • ¿Con qué métodos se puede purificar el DNA en muestras de saliva?

El DNA a partir de saliva se puede purificar mediante:

– Precipitación con etanol

– Extracción con fenol/cloroformo

– Kits comerciales como QIAmp (Qiagen) o PUREGENE (Gentra)

  • ¿Es posible automatizar la purificación mediante robots de extracción de DNA?

Sí, pueden utilizarse, entre otros, BioRobot EZ1 (Qiagen), AutoPure (Gentra), Magtration 12GC (PSS Bio), Tecan o Biomek NX/FX.

  • Al correr un gel de agarosa, ¿la mancha que aparece en la parte inferior se corresponde con DNA degradado?

No, esa mancha se corresponde con RNA de bajo peso molecular.

  • ¿Cómo se puede eliminar el RNA de las muestras de saliva?

Os dejamos este protocolo para eliminar el RNA de muestras de saliva.

 

— Aplicaciones —

 

  • ¿Qué aplicaciones son compatible con el DNA obtenido a partir de muestras de saliva?

El DNA a partir de saliva es compatible con la mayoría de aplicaciones como PCR, PCR a tiempo real, PCR multiplex, genotipado de SNPs, microarrays, secuenciación, RFLP, etc.

  • ¿Puede realizarse una amplificación del genoma completo (WGA) a partir del DNA de saliva?

Sí, el DNA a partir de saliva puede utilizarse con kits WGA comerciales como GenimiPhi (GE Healthcare), GenomePlex (Sigma-Aldrich) y REPLI-g (Qiagen).

  • ¿El DNA bacteriano presente en la muestra puede interferir en la aplicación?

El DNA a partir de saliva recogido con los kits Oragene·DNA funciona exactamente igual que DNA obtenido a partir de muestras de sangre para cualquier aplicación, ya que la cantidad de DNA presente en la muestra es mínima.

 

Confiamos en que las respuestas a estas preguntas frecuentes sobre la obtención y purificación de DNA a partir de saliva hayan resuelto vuestras dudas. No dudéis en contactar con nosotros para cualquier consulta adicional sobre la extracción de DNA a partir de saliva.

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